San Juan del Río pertenece al Municipio y Distrito de Santiago Choapam Oaxaca.
Se encuentra dentro de la región de la cuenca del Papaloapam, Ubicado entre las coordenadas 17º29'39" latitud Norte y 95º45'31.32" longitud Oeste, a 140 msnm. El municipio pertenece al IV distrito electoral federal y al III distrito electoral local.
Asi mismo es sede de la Parroquia de San Juan Bautista, la cual da atención a las siguientes comunidades:

1. Arroyo copete
2. El Nacimiento
3. Jose Lopez Portillo
4. La Carmelita
5. La Esperanza
6. La Matilde
7. La Nopalera
8. Santa Cecilia
9. Santiago Jalahui
10. San Jorge
11. San Juan Evalgelista
12. San Miguel<
13. Nuevo San Antonio
14. Tres Arroyos

La comunidad de San Juan del Río, se encuentra ubicada entre dos grandes ríos siendo el Río Lalana el que atraviesa el pueblo, y a una distancia aproximada de 4.5 km. el Rio Verde. La vegetación que predomina es Selva alta perennifolia, con un suelo Cambisol Eutrico, Clima: cálido húmedo, Temperatura media anual mayor de 22 ºC y temperatura del mes más frio mayor de 17ºC, con precipitación del mes más seco de 60 mm. con lluvias en verano

MEDIOS DE COMUNICACIÓN
Se captan señales de canales nacionales a través de televisión abierta como el 2, 5 y 13; también se captan estaciones de radio de Veracruz, aunque en algunas zonas se puede escuchar una estación de Oaxaca; la población hasta hace unos años solo contaba con dos casetas telefónica pero en la actualidad muchas familias cuentan con servicio telefónico domiciliario, así mismo se cuenta con espacio para renta de computadoras e Internet satelital.

VÍAS DE COMUNICACIÓNLa principal vía de comunicación es la carretera Tuxtepec-Palomares, entrando por la desviación a Santiago Xochiapa y Boca del Monte Veracruz hasta llegar a la población de San Juan del Río, con una distancia aproximada de 27 km. otra forma de llegar es por la carretera a San Pedro y San Pablo Ayutla, pasando por Santiago Choapam hasta llegar a la comunidad, esta vía solo conecta con la capital del Estado.

COLINDANCIAS 
Colinda con las siguientes comunidades al norte con La Esperanza, Al noroeste con San Jose Yogope, Al oeste con San Miguel, al suroeste con Santa Cecilia, al Sur Con Santiago Jalahui, al sureste con San Antonio, Al este con Nopalera y al noreste con la Cruz Verde.

PRINCIPALES ECOSISTEMAS
Su flora está constituida por las siguientes especies: los principales árboles que se pueden encontrar son: cedro (Cedrela odorata), caoba (Swietenia macrophylla), aguacatillo (Persea caerulea), palo mulato (Bursera simaruba), chancarro (Cecropia obtusifolia), encinos (Quercus spp), ceiba (Ceiba pentandra), sangregado (Croton draco,) cocuite (Gliricidia sepium) asi mismo medicinales y comestibles omestibles quintoniles (Amaranthus hybridus), epazote (Chenopodium ambrosioides,) hierba santa ( Piper auritum), tepejilote (Chamadeorea tepejilote), albacar (Ocimum basilicum), ruda (Ruta graveolens), musgos, y helechos solo por mencionar los principales
Entre la gran diversidad de fauna aún se pueden ubicar tigrillos (Leopardus tigrinus), gato montes (Felis silvestris), zorra (Vulpes vulpes), zorrillo (Mephitis mephitis), armadillo (Dasypus novemcintus), venado (Odocoileus virginianus), temazate (Mazama americana), gavilan (Accipiter striatus), picho (Quiscalus mexicanus), águila solitaria (Harpyhaliaetus solitarius), chachalaca (Ortalis wagleri), faisán (Phasianus colchicus), loro ( Amazona oratrix), tecolote (Otus barbarus), tapacamino (Caprimulgus salvini), chupa rosa (Lampornis amethystinus), martin pescador (Ceryle torquata), pájaro carpintero (Melanerpes formicivorus), tucan (Ramphastus sulfuratus), Además de gran variedad de insectos como escarabajos, mariposas, abejas y mosquitos. El cangrejo y el camarón de agua dulce se pueden encontrar en los arroyos y ríos

RECURSOS NATURALES
La vegetación de la comunidad es considerada como el principal recurso natural, ya que se explotan y se saca provecho de las maderas preciosas y corrientes; aunado a lo anterior en la actualidad, están siendo desmontados grandes extensiones de montañas para el cambio de uso de suelo que finalmente terminaran siendo usados como potreros.