La comunidad de San Juan del Río, se encuentra ubicada entre dos grandes ríos siendo el Río Lalana el que atraviesa el pueblo, y a una distancia aproximada de 4.5 km. el Rio Verde. La vegetación que predomina es Selva alta perennifolia, con un suelo Cambisol Eutrico, Clima: cálido húmedo, Temperatura media anual mayor de 22 ºC y temperatura del mes más frio mayor de 17ºC, con precipitación del mes más seco de 60 mm. con lluvias en verano