San Juan del Río pertenece al Municipio y Distrito de Santiago Choapam Oaxaca.
Se encuentra dentro de la región de la cuenca del Papaloapam, Ubicado entre las coordenadas 17º29'39" latitud Norte y 95º45'31.32" longitud Oeste, a 140 msnm. El municipio pertenece al IV distrito electoral federal y al III distrito electoral local.
Asi mismo es sede de la Parroquia de San Juan Bautista, la cual da atención a las siguientes comunidades:

1. Arroyo copete
2. El Nacimiento
3. Jose Lopez Portillo
4. La Carmelita
5. La Esperanza
6. La Matilde
7. La Nopalera
8. Santa Cecilia
9. Santiago Jalahui
10. San Jorge
11. San Juan Evalgelista
12. San Miguel<
13. Nuevo San Antonio
14. Tres Arroyos